Jika ditelusuri sejarah perkembangan Daktiloskopi di Indonesia diawali dengan dikeluarkannya Koninklijk Besluit 16 Januari 1911 Nomor 27 (IS 1911 nomor 234) tentang Penugasan kepada Departemen Kehakiman (sekarang Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia RI) untuk menerapkan Sistem Identifikasi Sidik Jari atau Daktiloskopi.
Pelaksanaan sistem Daktiloskopi ini baru dimulai pada tanggal 12 Nopember 1914 setelah dengan resmi dibuka Kantor Daktiloskopi dan dikukuhkan dengan Besluit Gubernur Jenderal Hindia Belanda tanggal 30 Maret 1920 Nomor 21  (IS 1920 Nomor 259) tentang Pembentukan Kantor Pusat Daktiloskopi Departemen Kehakiman. Hingga saat ini produk hukum jaman Hindia Belanda tersebut belum diganti. Sebagai landasan penyelenggaraan daktiloskopi Koninklijk Besluit sudah tidak sesuai dengan perkembangan hukum dan tuntutan masyarakat dewasa ini.
Saat ini terdapat beberapa instansi pemerintah yang melakukan pengambilan sidik jari  sesuai dengan kepentingan instansi tersebut, antara lain :
Masing-masing instansi yang melakukan pengambilan sidik jari, melakukan penyimpanan data sidik jari dan tidak terhimpun dalam satu Pusat Data Sidik Jari yang berskala nasional. Kedepan perlu ada penguatan Direktorat Daktiloskopi di Kementerian Hukum dan HAM sebagai Pusat Data Sidik Jari.